Bereits die Aufklärung über die Erkrankung, ihre hirnorganische Ursache und mögliche Einflussgrößen gehört zur Therapie. Wichtig ist auch die Dokumentation von Kopfschmerzen und Medikation in einem Kopfschmerzkalender. Alternativ kann eine digitale Dokumentation durch geeignete Apps erfolgen.
Die Behandlung der einzelnen Kopfschmerzattacke erfolgt mit überwiegend ohne Rezept erhältlichen Schmerzmitteln, vorzugsweise kombiniert mit einer Substanz gegen Übelkeit und Erbrechen. Wird so keine ausreichende Linderung erzielt, können auch Migräne-spezifische Substanzen, die sogenannten Triptane, eingenommen werden.
Behandelt man einerseits früh bei den ersten Anzeichen, aber zugleich nicht zu häufig mit diesen Substanzen, kann bei der großen Mehrheit der Betroffenen eine gute Symptomkontrolle erreicht werden. Zudem sollte jeder Migräne-Patient nicht medikamentöse Basismaßnahmen wie Entspannungsübungen und regelmäßigen Ausdauersport praktizieren.
Treten Attacken dennoch mehr als 3-mal pro Monat auf, wird vorübergehend mit vorbeugend wirksamen Medikamenten behandelt. Diese müssen vom Arzt verordnet und ihre Wirkung muss kontrolliert werden. Die häufigsten Substanzen zur Migräne-Prophylaxe sind Betarezeptorenblocker und eine Reihe von Substanzen, die auch zur Behandlung von Epilepsie oder Depressionen eingesetzt werden. Für die chronische Migräne findet auch Botulinumtoxin Anwendung.
All diese Substanzen wurden primär für die Therapie anderer Erkrankungen entwickelt und der Migräne-prophylaktische Effekt wurde erst später erkannt und in Studien belegt. Neu entwickelte Migräne-spezifische Prophylaktika richten sich gegen die Effekte des Botenstoffs CGRP, der bei der Ausbildung der neurovaskulären Entzündung (s. o.) eine bedeutende Rolle spielt. Alle genannten Substanzen werden in Abhängigkeit von der Schwere der Migräne und ggf. begleitenden anderen Erkrankungen eingesetzt.
Die Dauer der prophylaktischen Behandlung wird auch vom Verlauf der Erkrankung unter der Therapie bestimmt. In der Regel wird die Notwendigkeit einer Prophylaxe nach 9–12 Monaten mit einem Auslassversuch überprüft.