Ein erhöhtes Risiko für FSME-Infektion haben alle Menschen, die in einem FSME-Risikogebiet viel im Freien unterwegs sind. Ein erhöhtes Infektionsrisiko besteht vor allem in Bayern und Baden-Württemberg, in Südhessen, im südöstlichen Thüringen, in Sachsen und seit 2022 auch im südöstlichen Brandenburg. Das Robert-Koch-Institut informiert darüber mit einer laufend aktuellen Karte der FSME-Risikogebiete.
Die Hauptübertragungszeit der FSME liegt zwischen April und November, bei mildem Wetter finden Infektionen vereinzelt auch im Winter statt. Die ausgewachsenen Zecken als Hauptüberträger der FSME finden sich vor allem in bodennaher Vegetation sowie in losem Laub bis etwa 1.500 Meter Höhe. Sie sind bei Temperaturen oberhalb von 6 bis 8 Grad Celsius und hoher lokaler Luftfeuchtigkeit aktiv.
Neben einer Impfung gegen FSME sollten allgemeine Maßnahmen zum Schutz vor Zeckenstichen beachtet werden: Hierzu gehören das Tragen langärmeliger Hemden sowie langer Hosen, die die Haut bedecken. Die Hosenbeine sollten in die Strümpfe gesteckt werden, da die Tiere häufig im Gras oder Gebüsch vorhanden sind. Durch eine helle Kleidung können Zecken schneller entdeckt werden. Auch Zecken abweisende Mittel bieten einen gewissen Schutz, der aber nur wenige Stunden anhält.
Sehr selten wird auch über Infektionen durch den Verzehr von Rohmilch von Ziegen, Schafen oder Kühen berichtet. FSME-Erkrankte selbst sind für andere Menschen nicht ansteckend.
Männer erkranken an FSME etwa doppelt so häufig wie Frauen. Männliches Geschlecht sowie bei beiden Geschlechtern ein höheres Lebensalter über 50 Jahre und eine Unterdrückung des Immunsystems durch Medikamente oder Krankheiten sind zudem Risikofaktoren für einen schweren Verlauf der Infektion.