Die SMA zeichnet sich durch das Auftreten zunehmender Lähmungserscheinungen der Arm- und Beinmuskulatur sowie der Schluck- und Atemmuskulatur aus. Diese Symptome treten bei den meisten Patienten bereits in der Kindheit auf. Der Schweregrad der Erkrankung ist dabei sehr unterschiedlich. Bei der häufigsten Form (SMA Typ 1) treten erste Symptome bereits früh nach der Geburt auf. Unbehandelt erreichen diese Kinder durch eine zunehmende Schwäche der Atemmuskulatur häufig nicht das zweite Lebensjahr. Beim Verlaufstyp der SMA Typ 2 erlernen Patienten das freie Sitzen, erreichen jedoch keine Geh- oder Stehfähigkeit. Auch wenn die Atemmuskulatur sowie die Schluckmuskulatur im Verlauf der Erkrankung meist mitbetroffen sind, erreichen die Patienten in der Regel das Erwachsenenalter. Bedingt durch die muskuläre Schwäche, kann es außerdem zu einer zunehmenden Verkrümmung der Wirbelsäule kommen (Skoliose), welche die Atemfähigkeit weiter beeinträchtigt. Weitere Symptome sind Versteifungen im Bereich der Muskulatur und der Sehnen (Kontrakturen). Bei der spätmanifestierenden Form SMA Typ 3 erreichen die Patienten zeitweilig die Gehfähigkeit. Diese kann jedoch im Laufe des Lebens wieder verloren gehen. Die Schluck- und Atemmuskulatur ist bei der SMA Typ 3 nur sehr selten betroffen. Die Lebenserwartung ist auch unbehandelt üblicherweise normal.